Vēl pirms Latvijas Republikas faktiskās neatkarības atjaunošanas Augstākā tiesa realizēja tobrīd tai paredzētās likumdošanas iniciatīvas tiesības un aicināja toreizējo Latvijas PSR Augstāko Padomi atzīt par nelikumīgiem visus tos tiesu un ārpustiesu institūciju lēmumus, ar kuriem pēc okupācijas valsts likumiem bija represēti Latvijas iedzīvotāji, un viņus reabilitēt (23.04.1990. Plēnuma lēmums).
Augstākā padome 1990.gada 3.augustā pieņēma likumu "Par nelikumīgi represēto personu reabilitāciju”.
Saskaņā ar šo likumu no 1990.gada līdz 2004.gadam Augstākajā tiesā darbojās Reabilitācijas daļa. Tās uzdevums bija pārskatīt krimināllietas un sagatavot materiālus to personu reabilitēšanai, kuras padomju okupācijas gados notiesātas ar kara tribunālu vai tiesu spriedumiem. Pavisam sastādīti vairāk nekā 30 tūkstoši slēdzienu, reabilitācijas apliecības izsniegtas apmēram 12250 personām, reabilitācija atteikta 2545 personām.
Reabilitācijas daļas vadītāja Biruta Puķe 14 gadus uzklausīja traģiskus dzīvesstāstus un pētīja arhīvu dokumentus. Ja krimināllietas nebija Latvijas arhīvos, izsūtīja pieprasījumus Krievijas iekšlietu ministrijai un dažādiem arhīviem, visbiežāk – Krasnojarskas un Magadanas, kā arī Komi APSR un Kazahstānas Republikas Iekšlietu ministriju arhīviem.
Augstākā tiesa represētajiem un viņu tuviniekiem izsniedza arī dažādas izziņas – par mantas konfiskāciju, ieslodzījuma un nometinājuma vietām, piedalīšanos nacionālajā pretošanās kustībā, miršanas fakta konstatāciju. Likums „Par politiski represētās personas statusa noteikšanu komunistiskajā un nacistiskajā režīmā cietušajiem” noteic, ka valsts nodrošina šo personu likteņu vēsturisku izpēti. Augstākās tiesas sagatavotie dokumenti palīdzēja izprast nozīmīgu laika posmu Latvijas vēsturē. Reabilitācijas daļa sadarbojās ar Kara un Vēstures muzejiem piemiņas brīžu, publikāciju, izstāžu veidošanā.
Liecības par Reabilitācijas nodaļas darbu glabājas Augstākās tiesas muzejā.
Augstākās tiesas muzejā glabājas čemodāns, kurā no Latvijas Valsts arhīva uz Augstākās tiesas Reabilitācijas daļu tika vestas nelikumīgi represēto personu lietas.
Arhīvos saglabātās krimināllietas palīdz šķetināt represēto likteņstāstus, izsekot notikumiem un liecībām. Kartona vākos rūpīgi sašūta dzīve - apsūdzības raksti, pratināšanas protokoli, kratīšanas orderi, kara tribunāla spriedumi.
13 darbības gados Augstākā tiesa izsniegusi vairāk nekā 12 tūkstošus šāda parauga reabilitācijas apliecību.